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生命科学部  /
生命情報学科

 カサハラ   コウタ  
 笠原    浩太   助教
 KOTA   KASAHARA

■出身大学院・出身大学他
2003/03  長岡工業高等専門学校  物質工学科  卒業
2005/03  東北大学  工学部  分子化学工学科  卒業
2007/03  東北大学大学院  大学院工学研究科  応用化学専攻  博士課程前期課程  修了
2010/09  東京大学大学院  大学院新領域創成科学研究科  情報生命科学専攻  博士課程後期課程  修了
■取得学位
博士(科学) (2010/09 東京大学)  
■職歴
2008/04/01-2009/03/31  日本学術振興会特別研究員
2010/10/01-2012/12/31  東北大学大学院情報科学研究科・特任研究員
2013/01/01-2016/03/31  大阪大学蛋白質研究所・特任研究員
■所属学会
日本蛋白質科学会  
日本生物物理学会  
日本バイオインフォマティクス学会  
■免許・資格
情報セキュリティスペシャリスト  (2013)   
■研究テーマ
情報科学と計算物理学による生体分子の機能解明と新規デザイン
■研究概要
情報科学と計算物理学による生体分子の機能解明と新規デザイン

  ヒトゲノム計画の完遂以来「ポストゲノム時代」と言われて久しいが、ゲノムのコードする情報の全容は未だ不明な部分を多く残しています。ヒトゲノムに記された30億塩基対という膨大なデータを解析することの難しさはもとより、個々の生体分子の機能についてもその詳細を明らかにすることは容易ではありません。このゲノム全体を理解するという問題と、個々の生体分子を理解するという問題はまったくスケールの違う問題であると同時に、真に生命を理解するためには切り離すことのできない問題です。そこで私は情報科学的手法と計算物理学的手法を競争的に用いることで、全体を俯瞰するトップダウン的アプローチと個々の分子の機能を詳細に追究するボトムアップ的アプローチの両面から生命の理解を試みています。また解析し明らかにするのみならず、新しい生体分子をデザインする試みからも生命の本質に迫りたいと考えています。
 具体的には以下のテーマを研究しています。
・蛋白質と低分子化合物の相互作用ルールの解明 (Kasahara et al., 2010, Bioinformatics, Kasahara and Kinoshita, 2013, Journal of Chemical Information and Modeling, Kasahara and Kinoshita, 2014, BMC Bioinformatics)
・イオンチャネルの機能解明(Kasahara et al., 2013, PLoS ONE, Kasahara et al., 2016, PLoS ONE)
・転写因子Ets1の協調的結合メカニズムの機能解明(Kasahara et al., 2014, PLoS ONE)
・分子動力学法によるシミュレーションデータの解析手法開発(Kasahara et al., 2016, Bioinformatics)
■研究キーワード
バイオインフォマティクス、パターン認識、分子シミュレーション、分子動力学法、蛋白質、天然変性、イオンチャネル、理論的創薬、転写因子、翻訳後修飾、蛋白質デザイン 
■研究業績一覧  (上位3件までを表示します。一覧表示では、公開対象の全件を表示します。)

著書
in silico創薬におけるスクリーニングの高速化・高精度化技術  技術情報協会編  技術情報協会  153-167  2018/01  4861046882
見て分かる構造生命科学  中村春木 編  化学同人  2014
岩波講座 計算科学4 計算と生命  柳田敏雄、木下賢吾、木寺詔紀、林重彦、江口至洋、
高木周  岩波書店  2012
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論文
Multimodal Structural Distribution of
the p53 C-Terminal Domain upon Binding to S100B via a Generalized Ensemble Method: From Disorder to Extradisorder  S Iida, T Kawabata, K Kasahara, H Nakamura  Journal of Chemical Theory and Computation  15/ 4, 2597-2607  2019  10.1002/jcc.26020
Studies on molecular dynamics of intrinsically
disordered proteins and their fuzzy complexes: A mini-review  K Kasahara, H Terazawa, T Takahashi, J Higo  Computational and Structural Biotechnology Journal  17, 712-720  2019  10.1016/j.csbj.2019.06.009
Multidimensional virtual-system coupled
canonical molecular dynamics to compute free-energy landscapes of peptide multimer assembly  T Hayami, J Higo, H Nakamura  Journal of Computational Chemistry  40, 2453-2463  2019  10.1002/jcc.26020
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研究発表等
タンパク質間相互作用メカニズムの解明に向けたアミノ酸N-gram 統計解析  第16回日本蛋白質科学会年会  2018/06/27
Virtual system coupled canonical molecular dynamics simulation to enhance sampling along a reaction coordinate  第55回日本生物物理学会年会  2017/09/21
拡張アンサンブル分子動力学法のサンプリング効率向上のための最適条件の探索  第55回日本生物物理学会年会  2017/09/21
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科学研究費助成事業
科学研究費助成事業データベースへのリンク
■教育業績一覧  (上位3件までを表示します。一覧表示では、公開対象の全件を表示します)

担当授業科目
2017  生命情報学実験3  実験・実習・実技
2017  生命情報学実験4  実験・実習・実技
2017  生命情報学実験5  実験・実習・実技
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■関連URL
 個人ウェブサイト
■研究分野(ReaD&Researchmap分類)
生物物理学