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生命科学部  /
生命情報学科

 キクチ   タケシ   (男)
 菊地    武司   教授
 Takeshi   KIKUCHI

■兼務所属(本学内)
総合科学技術研究機構   /
創薬科学研究センター
生命科学研究科
■取得学位
博士(理学) (大阪市立大学)  
■所属学会
日本化学会  
日本生化学会  
日本生物物理学会  
日本蛋白質科学会  
■研究概要
タンパクの構造理論

 生命にとって基本的な役割を担うタンパクの立体構造や構造形成過程の情報をコンピュータを用いて予測し医薬分子設計に応用することを目標とする。
■研究キーワード
計算化学, 生物物理学, 情報生物学 
■研究業績一覧  (上位3件までを表示します。一覧表示では、公開対象の全件を表示します。)

著書
Analysis of sequences of (β/α) barrel proteins based on the inter-residue average distance statistics to elucidate folding processes  Masanari Matsuoka, Michirou Kabata, Yosuke Kawai and Takeshi Kikuchi  "Biochemistry / Book 2", Deniz Ekinci(Ed.) InTech Open Access Publisher Inc  83-98  2012  979-953-307-784-9
Decoding Amino Acid Sequences of Proteins using Inter-Residue Average Distance Statistics to Extract Information on Protein Folding Mechanisms  Takeshi Kikuchi  "Protein Folding", Eric C. Walters (Ed.), Nova Science Publishers Inc., New York  465-487  2011  978-1-61728-990-3
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論文
Analyses of Protein Sequences Using Inter-Residue Average Distance Statistics to Study Folding Processes and the Significance of Their Partial Sequences  Yosuke Kawai, Masanari Matsuoka and Takeshi Kikuchi  Peptide & Protein Letters  18, 979-990  2011
In silico study on the substrate binding manner in human myo-inositol monophosphatase 2  Seisuke Fujita, Tetsuo Ohnishi, Shujiro Okuda, Ryo Kobayashi, Satoshi Fukuno, Daisuke Furuta, Takeshi Kikuchi, Takeo Yoshikawa, Norihisa Fujita  Journal of molecular modeling  17, 2559–2567  2011
Engineering the substrate specificity of Alcaligenesd-aminoacylase useful for the production of d-amino acids by optical resolution  Shigekazu Yano, Hiroyuki Haruta, Takuya Ikeda, Takeshi Kikuchi, Masahiro Murakami, Mitsuaki Moriguchi, Mamoru Wakayama  Journal of Chromatography B. Analytical Technologies in the Biomedical and Life Sciences  879, 3247– 3252  2011
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研究発表等
Prediction of protein folding properties with analyses of inter-residue average distance statistics  Proceedings of BIT's 4th Annual Protein and Peptide Conference (Pepcon-2011)  2011/03
Relative Binding Free energy Estimation Between a protein and a ligand Based on the Free Energy Binding Principle  BIT's Annual International Conference of Medchem-2010  2010/05
Prediction of Protein Folding Properties Based on Interresidue Average Distance Statistics  International Conference of Amino acid and Porteins held at Trssalloniki, Greece August. Proceeding: Amino Acids (33)  2007
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科学研究費助成事業
科学研究費助成事業データベースへのリンク

研究高度化推進制度
学外研究制度   -     天然変性タンパク質のアミノ酸配列解析とその創薬への応用   -   国外   2016/04-2016/09   2016     日本・ハンガリー・スイス・米国 
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■教育業績一覧  (上位3件までを表示します。一覧表示では、公開対象の全件を表示します)

担当授業科目
2017  生命情報学実験4  実験・実習・実技
2017  統計シミュレーション実験  実験・実習・実技
2017  生命科学特殊研究1  演習
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教育活動
立命館宇治高校「生命科学部研究室訪問理工学部研究室訪問」を担当した。  2015/05-2015/06
バイオインフォマティクスと生命科学  2014/08-2014/08
高大連携協定校プログラムにてWeb講義「わたしたちの「いのち」をささえるバイオインフォマティクス」を担当  2010/06-2010/06
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■研究者からのメッセージ
タンパクの立体構造とドラッグデザイン
 私はもともとヘムという生物分子の電子状態を分子軌道法を用いて予測することから研究をスタートさせた。そのうちにヘムを含むヘモグロビンタンパク全体の挙動に興味をもち、タンパクそのものの構造と機能との関連に関心が広がっていった。タンパクは、生命現象のもっとも基本的な性質である自己組織化能力をもち、その挙動を解明することは生命現象の基本的な理解に繋がると期待される。一方、タンパクは生体内で様々な機能を担うがそれはタンパクの固有の立体構造に由来することが知られている。そしてタンパク構造に適合し、強く結合する化合物を設計すれば医薬分子となる可能性がある。これがコンピュータ支援ドラッグデザインの考え方である。このことはいわゆるゲノム創薬においてもキーとなる点である。私の現在の興味は、コンピュータを利用してタンパクの構造と機能との関連を理解し、それをドラッグデザインに応用することである。
■関連URL
 立命館大学 計算生命化学研究室
■研究分野(ReaD&Researchmap分類)
生物物理学
情報生物学、計算化学