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情報理工学部  /
情報理工学科

 トオサト   ユカコ  
 遠里    由佳子   教授
 Yukako   TOHSATO

■兼務所属(本学内)
情報理工学研究科
■出身大学院・出身大学他
1995/03  九州工業大学  情報工学部  知能情報学科  卒業
1997/03  九州工業大学大学院  情報工学研究科  情報科学専攻  博士課程前期課程  修了
2002/03  大阪大学大学院  基礎工学研究科  情報数理系専攻  博士課程後期課程  修了
■取得学位
情報工学 (1997/03 九州工業大学)   工学 (2002/03 大阪大学)  
■職歴
1997/04/01-1999/03/31  三菱電機株式会社伊丹製作所
2000/07/01-2002/03/31  日本学術振興会特別研究員(ミレニアム)
2002/04/01-2003/03/31  大阪大学大学院 基礎工学研究科 助手
2003/04/01-2004/03/31  大阪大学基礎工学研究科 産学官連携研究員
2004/04/01-2005/03/31  千里金蘭大学 非常勤講師
2004/04/01-2008/03/31  立命館大学 情報理工学部 生命情報学科 講師
2008/04/01-2013/03/31  立命館大学 生命科学部 生命情報学科 助教
2012/09/01-2013/03/31  理化学研究所 客員研究員
2013/03/31-2017/03/31  理化学研究所 生命システム研究センター 研究員
2017/04/01-2018/03/31  理化学研究所 生命システム研究センター 客員研究員
2017/04/01-2019/03/31  大阪電気通信大学 情報通信工学部 情報工学科 准教授
2018/04/01-  理化学研究所 生命機能科学研究センター 客員研究員
2019/04/01-  大阪電気通信大学 情報通信工学部 情報工学科 客員教授
2019/04/01-  立命館大学情報理工学部情報理工学科 教授
■委員歴
2007-2010  情報処理学会‐バイオ情報学(運営委員 編集委員)
2007-2010  情報処理学会‐数理モデル化と問題解決研究会 (運営委員)
2011-  電気情報通信学会‐システム数理と応用研究会 (運営委員)
■所属学会
情報処理学会 バイオ情報学研究会  
日本バイオインフォマティクス  
日本分子生物学会  
電気情報通信学会 システム数理と応用研究会  
情報処理学会 数理モデル化と問題解決研究会  
■研究概要
生命現象をシステムとして理解し予測する情報処理技術の研究開発

 顕微鏡をはじめとする計測技術の発展により、ライフサイエンスの分野では、分子や細胞、組織、個体などの動態を捉えた、時空間情報を数値として含む計測データが得られつつある。そこで、そうした様々な生命現象を記録した大規模・多次元のデータを包括的に解釈する新しいソフトウェアの研究開発に取り組む。発生や老化、疾患などに関わるデータから、既存の手法では見つけ出すことが難しい生物学的知識を得る「データ駆動型サイエンス」の実現を目指す。例えば、確率統計や機械学習、人工知能の技術を駆使した画像やデータの解析、物理・化学の法則の理論に基づく数理モデルの構築を試みる。アプローチの融合により、生命現象を理解し、様々な摂動条件下でどのように制御されているかを予測することを目指す。
■研究キーワード
計算生物学, バイオインフォマティクス, バイオイメージインフォマティクス, システムバイオロジー, データサイエンス 
■研究業績一覧  (上位3件までを表示します。一覧表示では、公開対象の全件を表示します。)

著書
バイオ画像解析 手とり足とりガイド 第1章5節 バイオイメージと定量データのデータベース  遠里 由佳子,京田 耕司,大浪 修一  羊土社  53-61  2014/11
生命動態システム科学のデータベースの統合化  遠里 由佳子,京田 耕司,ホー ケネス,大浪 修一  日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター  5-6  2013/10
Protein Function Prediction for Omics Era: (15) Towards elucidation of the Escherichia coli K-12 unknowneome  Yukako Tohsato, Natsuko Yamamoto, Toru Nakayshiki, Rikiya Takeuchi, Barry L. Wanner, Hirotada Mori  Springer  289-306  2011/04
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論文
Phenotype analysis method for identification of gene functions involved in asymmetric division of Caenorhabditis elegans  Yang Sihai, Xianhua Han, Yukako Tohsato, Koji Kyoda, Shuichi Onami, Ikuko Nishikawa, Yenwei Chen  Journal of Computational Biology  25/ 5, 436-446  2017/05
Nuclear detection in 4D microscope images of developing embryo using enhanced probability map of top-ranked intensity-ordered descriptors  Xian-Hua Han, Yukako Tohsato, Koji Kyoda, Shuichi Onami, Ikuko Nishikawa, Yen-Wei Chen  IPSJ Transactions on Computer Vision and Application  8/ 8  2016/11  10.1186/s41074-016-0010-3
SSBD: a database of quantitative data of spatiotemporal dynamics of biological phenomena  Yukako Tohsato, Kenneth H.L. Ho, Koji Kyoda, Shuichi Onami  Bioinformatics  32/ 22, 3471-3479  2016/06  10.1093/bioinformatics/btw417
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研究発表等
生命現象の時空間動態情報の可視化  可視化情報学会論文誌 特集号 生物学のデータと可視化  2020/01/01
Data-driven analysis of female pronuclear migration by image-processing embryonic movies in Phenobank  2nd International C. elegans Conference  2019/06/20
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科学研究費助成事業
科学研究費助成事業データベースへのリンク

競争的資金等(科研費を除く)
呼吸量データを用いた大腸菌の中央代謝経路におけるロバスト性の解明  旭硝子財団平成21年度研究助成  2009  2010  代表
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受賞学術賞
 数理モデル化と問題解決研究会賞 プレゼンテーション賞  2009/12
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■教育業績一覧  (上位3件までを表示します。一覧表示では、公開対象の全件を表示します)

担当授業科目
2019  データ構造とアルゴリズム  講義
2019  プログラミング演習2  演習
2019  プログラミング言語  講義
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教育活動
「バイオアルゴリズム」や「プログラミング演習」において、学生からの授業の感想および要望を積極的に集め、授業改善に努めた。また授業内容で質問があった点は次回レジュメで補足し学生の理解向上に努めた。  2004/04-
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■研究者からのメッセージ
パスウェイのネットワーク解析
 ゲノム解析の進展により多くの生物種の全ゲノム配列が急速に決定されてきました。しかしそのゲノム配列が分かったとしても、機能の多くは不明のままです。そこで私は機能解析研究の一つとして、体の中で起きる化学反応(代謝反応)に焦点をあて、単に個々の遺伝子の構造や機能の解析ではなく、統合的なネットワーク(パスウェイ)としての働きの解析を考えています。現在は、特にデータベースシステムの構築やグラフ理論や統計的な手法を用いた情報技術の研究を進めています。また今後は、提案した情報技術を利用することで、薬物がどのように生体内で変換されていくか、特定の病気の原因となる反応はどこで起こっているのかなどの解明へも挑戦する予定です。
■研究分野(ReaD&Researchmap分類)
統計科学
ソフトウエア
生体生命情報学
生物機能・バイオプロセス