研究者学術情報データベース

アラキ　ミチヒロ
荒木　通啓
ARAKI MICHIHIRO

所属薬学部創薬科学科

職名教授

論文
1.	2025/03/25	Disease Prediction Using Machine Learning on Smartphone-Based Eye, Skin, and Voice Data: Scoping Review │ JMIR AI │
2.	2024/12	Feature extraction contributing to risk-acceptance prediction by machine learning models in food benefit-risk communication in Japan │ Food and Humanity │ 3,100427-100427頁
3.	2024/07/01	Machine Learning Approaches for Stroke Risk Prediction: Findings from the Suita Study │ Journal of Cardiovascular Development and Disease │
4.	2024/06/15	Integrated pathway mining and selection of an artificial CYP79-mediated bypass to improve benzylisoquinoline alkaloid biosynthesis. │ Microbial cell factories │ 23 (1),178-178頁
5.	2024/06	A first survey of the public’s colour preferences for four processed foods as major sources of salt intake in Japan │ Food and Humanity │ ,100330-100330頁
6.	2024/04/07	Disease Prediction Using Machine Learning on Smartphone-Based Eye, Skin, and Voice Data: Scoping Review (Preprint) │
7.	2024/04/02	Unveiling Coronary Heart Disease Prediction through Machine Learning Techniques: Insights from the Suita Population-Based Cohort Study │
8.	2024/03/20	Development of method using language processing techniques for extracting information on drug–health food product interactions │ British Journal of Clinical Pharmacology │ 90 (6),1514-1524頁
9.	2024/02/22	Development of a Machine Learning Model for Classifying Cooking Recipes According to Dietary Styles │ Foods │
10.	2023/11/24	EnzymeNet: Residual Neural Networks model for Enzyme Commission number prediction │ Bioinformatics Advances │
11.	2023/10/05	Extracting the latent needs of dementia patients and caregivers from transcribed interviews in japanese: an initial assessment of the availability of morpheme selection as input data with Z-scores in machine learning │ BMC Medical Informatics and Decision Making │ 23 (1)
12.	2023/09/11	Predicting Cardiovascular Disease Mortality: Leveraging Machine Learning for Comprehensive Assessment of Health and Nutrition Variables │ Nutrients │
13.	2023/07	Ramen Consumption and Gut Microbiota Diversity in Japanese Women: Cross-Sectional Data from the NEXIS Cohort Study │ Microorganisms │ 11 (8),1892-1892頁
14.	2023/06/05	Using Explainable AI to understand frailty indicators │
15.	2023/06	Information integration through benefit-risk messages on food with quality-adjusted life years from the public agency in Japan: a randomized control study │ Nutrire │ 48 (1)
16.	2023/06	The initial assessment of single/multiple scales in public risk perception in food safety research: a scoping review │ Nutrire │ 48 (1)
17.	2023/05/31	Different Recognition of Protein Features Depending on Deep Learning Models: A Case Study of Aromatic Decarboxylase UbiD │ Biology │ 12 (6),795-795頁
18.	2023/05/24	Prediction of Metabolic Flux Distribution by Flux Sampling: As a Case Study, Acetate Production from Glucose in Escherichia coli │ Bioengineering │ 10 (6),636-636頁
19.	2023	Differences in consumers' perceptions based on the description order/amount of benefit–risk information on foods: a randomized comparative survey in Japan │ British Food Journal │
20.	2022/12/07	Predicting Overweight and Obesity Status Among Malaysian Working Adults With Machine Learning or Logistic Regression: Retrospective Comparison Study. │ JMIR formative research │ 6 (12),e40404
21.	2022/10/05	食品オントロジーの構築 │ トーゴーの日2022 │ ,1
22.	2022/09/15	Comprehensive Machine Learning Prediction of Extensive Enzymatic Reactions. │ The journal of physical chemistry. B │ 126 (36),6762-6770頁
23.	2022/09	口語テキストでの発話者の潜在ニーズ予測とその可視化 Word2Vecモデルを用いた機械学習モデルの精度改善に関する検討 │ ヘルスコミュニケーションウィークプログラム・抄録集 │ 2022,156-156頁
24.	2022/06	Usefulness of integrated vs separated benefit/risk information on food safety with quality-adjusted life year indicators for consumers: a randomised control study │ Nutrire │ 47 (1)
25.	2022/03/16	Machine learning discovery of missing links that mediate alternative branches to plant alkaloids. │ Nature communications │ 13 (1),1405-1405頁
26.	2021/12	Knowledge extraction from literature and enzyme sequences complements FBA analysis in metabolic engineering. │ Biotechnology journal │ 16 (12),e2000443-2000443頁
27.	2021/12	Mangrove crab intestine and habitat sediment microbiomes cooperatively work on carbon and nitrogen cycling │ PLoS ONE │ 16 (12 December),e0261654
28.	2021/10/05	国民健康・栄養調査食品群のオントロジー構築 │ トーゴーの日2021 │ ,1
29.	2021/09/17	History-Driven Genetic Modification Design Technique Using a Domain-Specific Lexical Model for the Acceleration of DBTL Cycles for Microbial Cell Factories. │ ACS synthetic biology │ 10 (9),2308-2317頁
30.	2021/08/04	食品オントロジーの製作 │ 人工知能学会第二種研究会資料 │ 2021 (SWO-054),02
31.	2021	Pathway engineering for high-yield production of lutein in Escherichia coli. │ Synthetic biology (Oxford, England) │ 6 (1),ysab012
32.	2020/05/15	Dynamic Flux Balance Analysis to Evaluate the Strain Production Performance on Shikimic Acid Production in Escherichia coli. │ Metabolites │ 10 (5)
33.	2020/02	Exploration and Evaluation of Machine Learning-Based Models for Predicting Enzymatic Reactions │ Journal of Chemical Information and Modeling │ 60 (3),1833-1843頁
34.	2020/01	新たに設計した代謝経路を用いた大腸菌によるアルカロイド高生産 │ バイオサイエンスとインダストリー │ 78 (1),32-33頁
35.	2020	代謝パスウェイ・酵素反応改変における情報解析技術の活用 │ ファルマシア │ 56 (10),930-934頁
36.	2019/12/13	Application of Graph Theory to Evaluate Chemical Reactions in Cells │ Journal of Physics: Conference Series │ 1391 (1)
37.	2019/07	Reconstruction of metabolic pathway for isobutanol production in Escherichia coli │ Microbial Cell Factories │ 18 (1),124-124頁
38.	2019/05/22	Author Correction: Mechanism-based tuning of insect 3,4-dihydroxyphenylacetaldehyde synthase for synthetic bioproduction of benzylisoquinoline alkaloids. │ Nature communications │ 10 (1),2336-2336頁
39.	2019/05/01	Mechanism-based tuning of insect 3,4-dihydroxyphenylacetaldehyde synthase for synthetic bioproduction of benzylisoquinoline alkaloids. │ Nature communications │ 10 (1),2015-2015頁
40.	2018/10/05	配列データおよび反応データベースを用いた微生物代謝モデルの自動構築・ツールについて │ トーゴーの日2018 │ ,1
41.	2018/09/01	人工知能(AI)がもたらす創薬イノベーション 6.バイオメディカル・基礎から臨床への開発プロセス(2)2)バイオロジクス・製剤・ロボティクス~医薬品製造・バイオロジクス生産に向けたAI技術開発~ │ 医薬ジャーナル │ 54 (9),2055‐2058-2058頁
42.	2018/08/15	スマートセル開発に向けた情報解析技術 │ 日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム講演要旨集 │ 36th,57
43.	2018/08/07	スマートセル開発を加速するAIの開発に向けた取組み │ 日本生物工学会大会講演要旨集 │ 70th,224
44.	2018/08/07	機械学習を用いた酵素のEC number予測 │ 日本生物工学会大会講演要旨集 │ 70th,191
45.	2018/08/07	微生物による有用物質生産に資する代謝モデルの実験データを用いた妥当性検証と予測精度の改善 │ 日本生物工学会大会講演要旨集 │ 70th,190
46.	2018/07/10	ビッグデータ時代の精神医学ビッグデータ時代のゲノム創薬 │ 分子精神医学 │ 18 (3),143‐148
47.	2018/05/28	業界展望集合知によるAI創薬の展開 : ライフインテリジェンスコンソーシアム(LINC) │ 国際医薬品情報 │ (1106),16-22頁
48.	2018/03/05	ゲノム配列および反応データベースを用いた有用物質生産の主要バクテリア宿主の代謝モデル構築 │ 日本ゲノム微生物学会年会要旨集 │ 12th,66
49.	2018/03/05	微生物による有用物質生産の改善に資する代謝モデルの反応データベースおよび配列データからの自動構築 │ 日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) │ 2018,ROMBUNNO.3A06p03 (WEB ONLY)
50.	2018/01/01	生命をつくる:ゲノム構築の時代ゲノム合成の潮流のインパクト微生物による物質生産 │ 現代化学 │ (562),36‐41-41頁
51.	2017/11	Transporter engineering in biomass utilization by yeast │ FEMS YEAST RESEARCH │ 17 (7)
52.	2017/10/05	拡張代謝パスウェイデータベース「M-path」の構築 │ トーゴーの日2017 │ ,1
53.	2017/08/08	大腸菌による有用物質生産の改善のためのコアモデルの構築 │ 日本生物工学会大会講演要旨集 │ 69th,253
54.	2017/08	Synthesis of Sulfo-Sialic Acid Analogues: Potent Neuraminidase Inhibitors in Regards to Anomeric Functionality │ SCIENTIFIC REPORTS │ 7 (1),8239-8239頁
55.	2017/03	A Systematic Approach to Timeseries Metabolite Profiling and RNA-seq Analysis of Chinese Hamster Ovary Cell Culture │ SCIENTIFIC REPORTS │ 7,43518-43518頁
56.	2017/02	Application of LC-MS/MS analysis for time-lapse amino acid metabolomics in CHO cell culture. │ Shimadzu Journal │ 5 (1),17-21頁
57.	2016/09	Targeted nucleotide editing using hybrid prokaryotic and vertebrate adaptive immune systems │ SCIENCE │ 353 (6305)
58.	2015/11	Improvement of oxidized glutathione fermentation by thiol redox metabolism engineering in Saccharomyces cerevisiae │ APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY │ 99 (22),9771-9778頁
59.	2015/04	Evaluation of genes involved in oxidative phosphorylation in yeast by developing a simple and rapid method to measure mitochondrial ATP synthetic activity │ Microbial Cell Factories │ 14,56-56頁
60.	2015/03	M-path: a compass for navigating potential metabolic pathways │ BIOINFORMATICS │ 31 (6),905-911頁
61.	2015	1P-022 Saccharomyces cerevisiaeの糖代謝における転写制御ネットワークの予測(遺伝子工学,一般講演) │ 日本生物工学会大会講演要旨集 │ 67,94-94頁
62.	2015	MALDI-TOF/MSを用いた発現タンパク質プロファイル測定方法の開発 │ 日本ゲノム微生物学会年会要旨集 │ 9th
63.	2015	合成生物工学によるモノづくり微生物のデザインに向けて │ 生物工学会誌 │ 93 (9),523-526頁
64.	2014/12	Development of a multi-gene expression system in Xanthophyllomyces dendrorhous │ MICROBIAL CELL FACTORIES │ 13 (1),175-175頁
65.	2014/12	Development of bio-based fine chemical production through synthetic bioengineering │ MICROBIAL CELL FACTORIES │ 13 (1),173-173頁
66.	2014/08	Evaluation and screening of efficient promoters to improve astaxanthin production in Xanthophyllomyces dendrorhous │ APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY │ 98 (15),6787-6793頁
67.	2014/06/25	データベースからの再発見(バイオミディア) │ 生物工学会誌 : Seibutsu-kogaku Kaishi │ 92 (6),304
68.	2014/03	モデルベース機械学習による配合注射薬外観変化予測アルゴリズムの開発 │ 日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) │ 134th (4),ROMBUNNO.30AMM-197-171頁
69.	2014/01/01	Mpath: Computationally-aided design of synthetic metabolic pathways │ Synthetic Biology: Engineering, Evolution, and Design Conference 2014, SEED 2014 │ ,54-56頁
70.	2014	3P-044 バイオ医薬開発に有用なCHO細胞の改良、培養状態解明につながるデータの構築(オミクス解析,一般講演) │ 日本生物工学会大会講演要旨集 │ 66,205-205頁
71.	2014	M-path: 拡張代謝パスウェイデータベースの構築 │ 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) │ 37th
72.	2014	遺伝子発現における時系列データ・制御様式の整合性評価 │ 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) │ 37th
73.	2013/12	An approach for dynamical network reconstruction of simple network motifs │ BMC SYSTEMS BIOLOGY │ 7 (suppl 6),54-4頁
74.	2013/10/25	代謝パスウェイ情報の抽象化と具体化—酵素工学研究会第70回講演会 │ 酵素工学研究会講演会講演要旨集 │ 70,23-28頁
75.	2013	1S-Cp02 代謝パスウェイデータベースからの知識抽出(代謝工学がもたらした"ものづくり"と今後求められる技術,シンポジウム) │ 日本生物工学会大会講演要旨集 │ 65,11-11頁
76.	2013	An approach for dynamical network reconstruction of simple netswork motifs │ BMC System Biology │ 7 (suppl 6),54
77.	2013	バイオプロセスデザインプラットフォームを用いたアミノ酸のバイオプロセスデータベースの開発 │ 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) │ 36th
78.	2012/07/01	天然物創薬とケモインフォマティクス │ ファルマシア │ 48 (7),658-662頁
79.	2012/06	Transcriptome Analysis of the Duodenum, Pancreas, Liver, and Muscle from Diabetic Goto-Kakizaki Rats Fed a Trypsin Inhibitors Derived from Squid Viscera │ JOURNAL OF AGRICULTURAL AND FOOD CHEMISTRY │ 60 (22),5540-5546頁
80.	2012/03/05	システム創薬のためのケミカル‐バイオ‐クリニカル統合データベース │ 日本薬学会年会要旨集 │ 132nd (4),160-160頁
81.	2012	2Gp23 生合成パスウェイ設計のための情報解析技術の開発(代謝工学/脂質工学,一般講演) │ 日本生物工学会大会講演要旨集 │ 64,67-67頁
82.	2012	2Gp24 生合成パスウェイ設計のための基盤ツールの開発(代謝工学/脂質工学,一般講演) │ 日本生物工学会大会講演要旨集 │ 64,67-67頁
83.	2011/08	Transcriptome Analysis of the Duodenum in Wistar Rats Fed a Trypsin Inhibitor Derived from Squid Viscera │ JOURNAL OF AGRICULTURAL AND FOOD CHEMISTRY │ 59 (16),9001-9010頁
84.	2011/05	Circadian regulation of intracellular G-protein signalling mediates intercellular synchrony and rhythmicity in the suprachiasmatic nucleus │ NATURE COMMUNICATIONS │ 2,327
85.	2010/03/05	医薬品―臨床知識統合データベースの構築 │ 日本薬学会年会要旨集 │ 130th (4),242-242頁
86.	2009/09	GEM-TREND: a web tool for gene expression data mining toward relevant network discovery │ BMC GENOMICS │ 10,411
87.	2009/04	Extraction and Analysis of Chemical Modification Patterns in Drug Development │ JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING │ 49 (4),1122-1129頁
88.	2009/03/05	ケミカルゲデノミクス情報を用いた標的タンパク質の予測法の開発 │ 日本薬学会年会要旨集 │ 129th (4),143
89.	2009/03/05	遺伝子発現プロファイルに基づいたマイクロアレイデータ検索システム(GEM‐TREND) │ 日本薬学会年会要旨集 │ 129th (4),144-144頁
90.	2009/03/05	医薬品―疾病作用情報データベース │ 日本薬学会年会要旨集 │ 129th (4),144-144頁
91.	2009/03/05	統合型薬学情報ナビゲーションシステムの開発 │ 日本薬学会年会要旨集 │ 129th (4),144-144頁
92.	2008/07	Prediction of drug-target interaction networks from the integration of chemical and genomic spaces │ BIOINFORMATICS │ 24 (13),I232-I240頁
93.	2008/01	KEGG for linking genomes to life and the environment │ NUCLEIC ACIDS RESEARCH │ 36 (Database issue),D480-D484頁
94.	2007/05	Comprehensive analysis of distinctive polyketide and nonribosomal peptide structural motifs encoded in microbial genomes │ JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY │ 368 (5),1500-1517頁
95.	2006/05/18	Graph tiling algorithm for molecular synthesis analysis: 分子合成経路発見のためのグラフタイリングアルゴリズム │ 2006 (49),25-32頁
96.	2006/03	創薬科学のためのKEGG—特集/創薬化学創出へのアプローチ │ 化學工業 │ 57 (3),210-214頁
97.	2006/01	From genomics to chemical genomics: new developments in KEGG │ NUCLEIC ACIDS RESEARCH │ 34 (Database issue),D354-D357頁
98.	2004/06	Programmable cells: Interfacing natural and engineered gene networks │ PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA │ 101 (22),8414-8419頁
99.	2004/05	バイオインフォマティクスとケモインフォマティクスの融合 (特集バイオインフォマティクス--基礎と臨床応用) -- (基礎) │ 現代医療 │ 36 (5),1080-1086頁
100.	2001/05	A 'cassette' RNase: Site-selective cleavage of RNA by RNase S equipped with RNA-recognition segment │ BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY LETTERS │ 11 (9),1165-1168頁
101.	2001/05	Coupling between substrate binding and allosteric regulation in ribozyme catalysis │ BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY │ 9 (5),1155-1163頁
102.	2001/01	Synthetic inhibitors of the processing of pretransfer RNA by the ribonuclease P ribozyme: Enzyme inhibitors which act by binding to substrate │ BIOCHEMISTRY │ 40 (3),603-608頁
103.	2000/12/01	The first synthetic inhibitor classes for ribonuclease P, the ribozyme maturing pre-transfer RNA │ Journal of Pharmacy and Pharmacology │ 52 (9 SUPPL.),125
104.	2000/01/01	Expression mechanism of the allosteric interactions in a ribozyme catalysis. │ Nucleic acids symposium series │ (44),205-206頁
105.	1998/07	Allosteric regulation of a ribozyme activity through ligand-induced conformational change │ NUCLEIC ACIDS RESEARCH │ 26 (14),3379-3384頁
106.	1998/03	NMRによる抗腫よう性抗生物質C‐1027クロモフォア‐DNA複合体の高次構造解析 │ 日本薬学会年会要旨集 │ 118th (2),170
107.	1997/06	Selective cleavages of tRNA(Phe) with secondary and tertiary structures by enediyne antitumor antibiotics │ BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY │ 5 (6),1229-1234頁
108.	1997/03	新規機能性RNAリボザイム(フラビンスイッチリボザイム)の合理的分子設計 │ 日本薬学会年会要旨集 │ 117th (2),107